Trường Tiểu học Vĩnh Phú được thành lập vào ngày 06 thang 06 năm 2005, theo quyết định số 59/QĐ-UB của chủ tịch Ủy ban nhân dân huyện Kiên Lương (nay là huyện Giang Thành). Đến 12 tháng 08 năm 2014 Ủy ban nhân dân huyện Giang Thành ra quyết định số 939/QĐ-UBND về việc chuyển trường Tiểu học Vĩnh Phú sang trực thuộc Phòng Giáo Dục và Đào Tạo Giang Thành.